Discussion:
Bactéries fécales, rivières et statistiques !
(too old to reply)
l***@gmail.com
2013-07-11 14:41:14 UTC
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Bonjour à tous !

Ce message risque d'être un peu long puisque je vais 1) me présenter, 2) présenter mon problème !
Bien, alors 1), je suis étudiante en Master 2 dans l'écologie et actuellement en stage aux USA, à l'agence de protection environnementale. Et là où on les penserait calés sur tout et surtout sérieux, il n'en est rien. Je n'ai plus de maître de stage, ceux qui m'entourent ne connaissent rien aux stats et personne pour répondre à mes questions. Voilà pourquoi je me tourne vers ce forum !
2) Leur étude, à laquelle je participe, consiste en deux synoptiques (un en octobre dernier et un qu'on vient de finir) sur l'étude des bactéries indicatrices fécales (E. coli et enterococcus) et les pathogènes (salmonelles, listéria, campylobacter).
Voilà un peu les données dont je dispose actuellement (et vous allez remarquer à quel point ils ont été erratiques dans leur collection de données.....)
Premier synoptique : - semaine 1 = [E.coli sédiment], [E.coli eau], [Enterococcus sédiment], [Enterococcus eau], t°C, O2 dissous, TSS.
- semaine 2 = [E.coli sédiment], [E.coli eau], [Enterococcus sédiment], [Enterococcus eau], t°C, O2 dissous, TSS + présence/absence campylobacter + présence/absence de listéria !
- semaine 3 = [E.coli sédiment], [E.coli eau], [Enterococcus sédiment], [Enterococcus eau], t°C, O2 dissous, TSS, présence/absence campylobacter, présence/absence de listéria + présence/absence de salmonella dans l'eau !

Deuxième synoptique : - semaine 1 = [E.coli sédiment], [E.coli eau], [Enterococcus sédiment], [Enterococcus eau], t°C, O2 dissous, TSS, présence/absence campylobacter, présence/absence de listéria, présence/absence de salmonella dans l'eau ET les sédiments !

A cela se rajoute la taille des particules à partir de la deuxième semaine du premier synoptique, et les pourcentages de répartition de l'utilisation des sols autour de chaque site (forêt, pâture, station d'épuration, sachant que certains sites (15) ont un peu de tout).

Donc, 1) les données ne sont pas les mêmes pour chaque semaine, donc je ne peux pas comparer de façon censée, 2) ils veulent pourtant comparer les deux synoptiques afin d'établir un schéma de référence pour chaque site (mais ils ne savent encore ce qu'ils veulent vraiment étudier sur ces données...), 3) Je suis... dans la mouise !!

J'avais pensé à effectuer des analyses spatio-temporelles, pour voir si les concentrations en E;coli et entéro varient en fonction du site ou bien de la période d'échantillonnage. Ensuite je voulais comparer (par des AFC, mais lesquelles ? classiques ? ou existe-t-il des modèles pour les bactéries et ce genre d'étude ?) les pathogènes avec les indicatrices, l'usage des sols, les données abiotiques, mais cela ne peut se faire de façon effective que si je dispose des mêmes données partout. Ce qui signifie seulement la troisième semaine de chaque synoptique et encore... Pas sérieux scientifiquement...

Ainsi donc, je m'en remets à vos méninges et vos idées de génie (je vous avoue que j'ai cramé les miens et que j'ai aussi cramé l'intérêt que j'avais pour ce stage quand je vois les sous mis en jeu et le peu de... rigueur scientifique qu'ils apportent à tout cela).

Merci d'avance à tous ceux qui me répondront !!

Lucile
Rich Ulrich
2013-07-11 17:20:02 UTC
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Google Translate does a pretty good job. It misplaced AND
and failed to translate synoptique to block in one place, but
otherwise, this is GT.

I will put my only comment here, at the top.
- Some of the measures are there all the time. Do what
you can as your best analysis with those variables.
That might serve as a model for what can be done when
all the variables are available at every site and every week.

I think you want to make a graphical display that will
show the sources of variation. By site? By week?
This should document what is there.

It is not clear to me that you have enough weeks or sites
or prior information that you should try to "build a model"
of anything.

****Google translations
Post by l***@gmail.com
Bonjour à tous !
Ce message risque d'être un peu long puisque je vais 1) me présenter, 2) présenter mon problème !
...This message may be a bit long because I'm 1) introduce myself, 2)
present my problem!
Post by l***@gmail.com
Bien, alors 1), je suis étudiante en Master 2 dans l'écologie et actuellement en stage aux USA, à l'agence de protection environnementale. Et là où on les penserait calés sur tout et surtout sérieux, il n'en est rien. Je n'ai plus de maître de stage, ceux qui m'entourent ne connaissent rien aux stats et personne pour répondre à mes questions. Voilà pourquoi je me tourne vers ce forum !
...Well, then 1) I am a student in Master 2 in ecology and currently
training in the U.S., the Environmental Protection Agency. And where
they are keyed to think seriously and foremost, it is not. I do not
have a tutor, those around me do not know about the stats and no one
to answer my questions. That's why I turn to this forum!
Post by l***@gmail.com
2) Leur étude, à laquelle je participe, consiste en deux synoptiques (un en octobre dernier et un qu'on vient de finir) sur l'étude des bactéries indicatrices fécales (E. coli et enterococcus) et les pathogènes (salmonelles, listéria, campylobacter).
Voilà un peu les données dont je dispose actuellement (et vous allez remarquer à quel point ils ont été erratiques dans leur collection de données.....)
...2) Their study, in which I participate, consists of two synoptic
(one in October and we just finished) on the study of fecal indicator
bacteria (E. coli and Enterococcus) and pathogens (Salmonella,
Listeria , campylobacter).
Here is a little information I currently have (and you'll notice how
they were erratic in their data collection .....)
Post by l***@gmail.com
Premier synoptique : - semaine 1 = [E.coli sédiment], [E.coli eau], [Enterococcus sédiment], [Enterococcus eau], t°C, O2 dissous, TSS.
...First block: - week 1 = [E.coli sediment], [E.coli water],
[Enterococcus sediment], [Enterococcus water] t ° C, dissolved O2,
TSS.
Post by l***@gmail.com
- semaine 2 = [E.coli sédiment], [E.coli eau], [Enterococcus sédiment], [Enterococcus eau], t°C, O2 dissous, TSS + présence/absence campylobacter + présence/absence de listéria !
...
Post by l***@gmail.com
- semaine 3 = [E.coli sédiment], [E.coli eau], [Enterococcus sédiment], [Enterococcus eau], t°C, O2 dissous, TSS, présence/absence campylobacter, présence/absence de listéria + présence/absence de salmonella dans l'eau !
...
Post by l***@gmail.com
Deuxième synoptique : - semaine 1 = [E.coli sédiment], [E.coli eau], [Enterococcus sédiment], [Enterococcus eau], t°C, O2 dissous, TSS, présence/absence campylobacter, présence/absence de listéria, présence/absence de salmonella dans l'eau ET les sédiments !
...Second block: - week 1 = [E.coli sediment], [E.coli water],
[Enterococcus sediment], [Enterococcus water] t ° C, dissolved O2,
TSS, presence / absence campylobacter, presence / absence of Listeria
, presence / absence of salmonella in water AND sediments!
Post by l***@gmail.com
A cela se rajoute la taille des particules à partir de la deuxième semaine du premier synoptique, et les pourcentages de répartition de l'utilisation des sols autour de chaque site (forêt, pâture, station d'épuration, sachant que certains sites (15) ont un peu de tout).
...To this is added the particle size from the second week of the
first block, and the percentage distribution of land use around each
site (forest, pasture, water treatment plant, knowing that some sites
(15) have a bit of everything).
Post by l***@gmail.com
Donc, 1) les données ne sont pas les mêmes pour chaque semaine, donc je ne peux pas comparer de façon censée, 2) ils veulent pourtant comparer les deux synoptiques afin d'établir un schéma de référence pour chaque site (mais ils ne savent encore ce qu'ils veulent vraiment étudier sur ces données...), 3) Je suis... dans la mouise !!
...So, 1) the data are not the same for each week, so I can not
compare so expected, 2) yet they want to compare the two blocks to
establish a frame of reference for each site (but they do not know yet
what they really want to study these data ...) 3) I am ... in trouble!
Post by l***@gmail.com
J'avais pensé à effectuer des analyses spatio-temporelles, pour voir si les concentrations en E;coli et entéro varient en fonction du site ou bien de la période d'échantillonnage. Ensuite je voulais comparer (par des AFC, mais lesquelles ? classiques ? ou existe-t-il des modèles pour les bactéries et ce genre d'étude ?) les pathogènes avec les indicatrices, l'usage des sols, les données abiotiques, mais cela ne peut se faire de façon effective que si je dispose des mêmes données partout. Ce qui signifie seulement la troisième semaine de chaque synoptique et encore... Pas sérieux scientifiquement...
...I had thought to make spatio-temporal analysis, to see if the
concentrations of E, coli and entero vary depending on the site or the
sampling period. Then I wanted to compare (by AFC, but why? Classics?
Or are there models for bacteria and this kind of study?) Pathogens
with indicator, land use, abiotic data, but it can not be done
effectively if I have the same data everywhere. This means only the
third week of each block and again ... No serious scientific ...
Post by l***@gmail.com
Ainsi donc, je m'en remets à vos méninges et vos idées de génie (je vous avoue que j'ai cramé les miens et que j'ai aussi cramé l'intérêt que j'avais pour ce stage quand je vois les sous mis en jeu et le peu de... rigueur scientifique qu'ils apportent à tout cela).
...So I defer to your brain and your brilliant ideas (I confess that I
burnt mine and I also burnt the interest I had for this course when I
see put in involved and the lack of scientific rigor ... they bring it
all).
Post by l***@gmail.com
Merci d'avance à tous ceux qui me répondront !!
--
Rich Ulrich
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